Et en vol ? Comment faire pour rejoindre par exemple LFQQ alors qu'on est à 20.000 pieds en descente vers LFPO par exemple, sans faire de DIRECT vers l'aéroport ? Je pense qu'en réalité ça doit être plus facile car on a l'ATC qui nous donne directement la route à insérée depuis notre position dans le FMC, et sur FSX sans ATC par exemple ?

En prenant la route qu'on a choisie avant même de partir, en toute simplicité. Changer d'aéroport pour l'alternate c'est simplement considéré comme changer son aéroport de destination, puisque c'est le cas. Les contrôleurs peuvent parfois donner certaines routes, je crois que Vincent sur son blog, a dû faire une vidéo d'une situation où le contrôleur lui donne une route en vol, je ne l'ai plus en mémoire ceci dit, peut-être que c'est même pas ça. À moins que ce fut une clairance ...

Enfin, la méthode reste "simple" en IFR on suit une route pré-établie vers l'Alternate choisi. L'ATC ne donne une route que si l'aéroport de déroutement est subi et imprévu (cas d'une panne ou d'un détournement), même si la plupart du temps il se contentera d'un guidage radar si ça ne dure pas trop longtemps et sur un accord tacite entre les différents contrôles. La route que donne l'ATC est pas forcément "à rentrer dans le FMC", elle peut être constituée d'éléments de radionavigation uniquement, si encore une fois elle vient à en devoir en donner une.

Après pour les questions de FMC, je ne suis pas pilote de 737 donc no idea, mais si la question "Comment faire pour rejoindre par exemple LFQQ alors qu'on est à 20.000 pieds en descente vers LFPO par exemple, sans faire de DIRECT vers l'aéroport ?" est d'ordre général :
En rejoignant (souvent par un DCT) l'un des points de passages de la RTE alternative.